COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.935284
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.972429
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.194237 2.026601
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.091529
2021-06-22 17:00:00 1.718991 1.718991 2.131111
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.233971
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.331324

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.629992 1.761239
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.780679
2021-06-24 17:00:00 3.956479 2.077151 1.818876
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 1.879869
2021-06-22 17:00:00 1.160714 1.160714 1.933359
2021-06-21 17:00:00 2.512563 1.964286 1.996982
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.018057

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.518010 5.603415
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.575816
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 5.838301
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 5.938644
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.459691 6.165669
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.374570 6.026283
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 6.204248

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.988928
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 2.111762
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.218329
2021-06-23 17:00:00 2.626421 3.083295 2.314858
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.354543
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.930233 2.455462
2021-06-20 17:00:00 3.716449 2.513966 2.561211

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 6.036122 6.036122 7.525583
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 7.395115
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.536219
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 7.903326
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 8.269082
2021-06-21 17:00:00 12.449799 44.176707 8.589870
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 8.208154

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.636811
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.684440
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.824932
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.835778
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.726531
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.032783
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.281346

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.329601 1.365158
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.384901
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.394636 1.403452
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.448099
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.441076
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.193611 1.403950
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.398577

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.559832
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.668509
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.698595
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.774688
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.816173
2021-06-21 17:00:00 3.347478 2.102458 2.857246
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 2.939319

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.820436
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.894249
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.817996 0.971040
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.807754 1.059742
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.092123
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.131883
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.155805

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.804308 1.089009
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.081195
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.125430
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.184920
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.222181
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.689598 1.232355
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.293019

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.563698 1.578354 1.455223
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.525216
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.552751
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.606678
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.622734
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.547988 1.584823
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.653079

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.860148
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 0.983146
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.005552
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 0.992226
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.080799
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.115808
2021-06-20 17:00:00 2.558635 0.852878 1.137386

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 3.707855
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.850591
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.860761
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 3.923209
2021-06-22 17:00:00 1.587302 4.232804 4.002490
2021-06-21 17:00:00 4.545455 1.675978 3.939746
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.106924

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.705730
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.736424
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.791054
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.789243
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.818045
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.325203 0.812733
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.865012

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.772846 0.847493
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.860915
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.899240
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 0.938480
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 0.978185
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.920387 1.054682
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.115863

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.559394
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.692531
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.834657
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.041980
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.370204
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.449402
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 4.699720

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.698999
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.679562
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.638050
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.664803
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.227964 0.690881
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.758477
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.782924

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.063701
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.203338
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.348198
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.370309
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.419627
2021-06-21 17:00:00 3.591044 3.591044 3.536343
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 3.667273

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 1.189925
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.200750
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.198159
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.246581
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.164725 1.251382
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.974448 1.281135
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.349776

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 2.519263
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.526714
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.597867
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.393665 2.578864
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.633064
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 2.641151
2021-06-20 17:00:00 6.699752 2.853598 2.658632

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.292966
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.328076
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.430212
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.446999
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.500954
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.536901
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.520031

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.441205
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.542985
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.602119
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.702810
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 2.821207
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 3.014956
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.241643

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 0.905387 1.629992 1.761239
Basilicata 5.039788 6.518010 5.603415
Calabria 2.028509 2.028509 1.988928
Campania 6.036122 6.036122 7.525583
Emilia-Romagna 4.492053 4.492053 4.636811
Friuli Venezia Giulia 1.329601 1.329601 1.365158
Lazio 2.268160 2.268160 2.559832
Liguria 0.379687 0.379687 0.820436
Lombardia 0.804308 0.804308 1.089009
Marche 0.563698 1.578354 1.455223
Molise 1.012658 1.012658 0.860148
P.A. Bolzano 4.123711 4.123711 3.707855
P.A. Trento 0.375940 0.375940 0.705730
Piemonte 0.484357 0.772846 0.847493
Puglia 2.939686 2.939686 3.559394
Sardegna 1.083238 1.083238 0.698999
Sicilia 2.725933 2.725933 3.063701
Toscana 1.200924 1.200924 1.189925
Umbria 3.167421 3.167421 2.519263
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 1.292966
Veneto 1.870079 1.870079 2.441205

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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